1、总分机构之间移送“货物”的增值税纳税义务问题。根据《增值税暂行条例实施细则》(以下简称实施细则)第四条第三项的规定，设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售，视同销售货物，但相关机构设在同一县(市)的除外。
站在总机构角度来看，总机构向分支机构移送增值税应税货物，如果是用于销售的目的的，则根据《实施细则》的相关规定，在移送环节发生增值税纳税义务(视同销售)，其计税价格按照移送时的账面价格确定;如果是用于非销售的目的，则在移送环节不发生增值税纳税义务(不视同销售)。比如，移送用于非销售目的的办公车辆、办公家具等，无须视同销售。
站在分支机构角度来看，如果接受移送的货物在销售时符合了《国家税务总局关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》(国税发[1998]137号)的两个条件，则分支机构应该向其所在地税务机关申报缴纳增值税，否则，应由总机构统一申报缴纳增值税。
“国税发[1998]137号”规定的两个条件是“一、向购货方开具发票;二、向购货方收取货款。”受货机构的货物移送行为有上述两项情形之一的，应当向所在地税务机关缴纳增值税;未发生上述两项情形的，则应由总机构统一缴纳增值税。如果受货机构只就部分货物向购买方开具发票或收取货款，则应当区别不同情况计算并分别向总机构所在地或分支机构所在地缴纳税款。
2、总分机构之间“货物”移送的发票开具问题。《中华人民共和国发票管理办法》(以下简称《办法》)第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票;特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。在总分机构实行统一核算的模式下，货物在总分机构之间移送，不属于对外发生经营业务，也不收取款项，因而不符合《办法》规定的发票开具条件。
但是，根据《增值税暂行条例》及其实施细则，总分机构之间货物移送行为，符合条件的，要视同销售缴纳增值税。总机构视同销售纳税，其销项税额势必就构成分支机构的进项税额。而在此种情况下，增值税专用发票是其据以抵扣的唯一依据。因此，尽管总分机构之间移送货物，虽不属于《增值税专用发票管理规定》中规定的发票开具范围，但总机构却不得不向分支机构开具增值税专用发票。否则，分支机构就会由于无法取得抵扣凭证而丧失税收利益。
这也是相关增值税政策中规定对采取总分机构组织模式的纳税人，不论分支机构是否符合增值税一般纳税人条件而可以一并认定为增值税一般纳税人的原因。
3、账簿设置问题。一般情况下，总分机构实行统一核算模式下，分支机构采取报账制，没有必要设置单独的会计机构及会计岗位。但如果出现分支机构需向所在地主管税务机关就地申报缴纳增值税的情况的，则总机构应对各个分支机构对应设置应缴增值税明细账，准确核算各个分支机构的增值税进销项税金情况;如果分支机构不需向所在地税务机关就地缴纳增值税的，则分支机构只需根据总机构的核算要求采取报账制即可。
二、会计处理
《企业会计准则—收入》第四条规定，销售商品收入同时满足下列条件的，才能予以确认：(一)企业已将商品所有权上的主要风险和报酬转移给购货方;(二)企业既没有保留通常与所有权相联系的继续管理权，也没有对已售出的商品实施有效控制;(三)收入的金额能够可靠地计量;(四)相关的经济利益很可能流入企业;(五)相关的已发生或将发生的成本能够可靠地计量。在《企业会计准则—收入》框架下，总机构向分支机构移送货物，无论出于何种目的，其均不能满足“企业已将商品所有权上的主要风险和报酬转移给购货方的”条件，不符合收入确认条件，从而不宜确认为总机构的一项销售商品收入。
《小企业会计准则》第五十九条规定，销售商品收入是指小企业销售商品(或产成品、材料，下同)取得的收入。通常，小企业应当在发出商品且收到货款或取得收款权利时，确认销售商品收入。在《小企业会计准则》框架下，总机构向分支机构移送货物，无论出于何种目的，在移送环节都不符合“小企业应当在发出商品且收到货款或取得收款权利时，确认销售商品收入”的条件，从而也不宜确认为总机构的一项销售商品收入。
总机构向分支机构移送货物，既不符合《企业会计准则—收入》规定的收入确认条件，也不符合《小企业会计准则》规定的收入确认条件，不应确认为企业(或小企业)的一项收入。正确的做法是将其作为内部商品调拨处理。
三、企业所得税的处理
《所得税法》实行的是法人税制。总分机构之间移送货物，无论出于何种目的，都属于同一个法人之间的货物转移，不属于销售货物范畴，也不属于视同销售货物的范畴。
《国家税务总局关于确认企业所得税收入若干问题的通知》(国税函〔2008〕875号)第一条第一项，企业销售商品同时满足下列条件的，应确认收入的实现：1、商品销售合同已经签订，企业已将商品所有权相关的主要风险和报酬转移给购货方;2、企业对已售出的商品既没有保留通常与所有权相联系的继续管理权，也没有实施有效控制;3、收入的金额能够可靠地计量;4、已发生或将发生的销售方的成本能够可靠地核算。总分机构之间的货物移送不满足“商品销售合同已经签订，企业已将商品所有权相关的主要风险和报酬转移给购货方”的条件，故不能确认为所得税法上的商品销售收入。
《企业所得税法》第二十五条，企业发生非货币性资产交换，以及将货物、财产、劳务用于捐赠、偿债、赞助、集资、广告、样品、职工福利或者利润分配等用途的，应当视同销售货物、转让财产或者提供劳务，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。根据《国家税务总局关于企业处置资产所得税处理问题的通知》(国税函[2008]828号)文的规定，企业将资产在总机构及其分支机构之间转移,由于资产所有权属在形式和实质上均不发生改变，可作为内部处置资产，不视同销售确认收入，相关资产的计税基础延续计算。
四、案例
某总分机构在外省设有多家分支机构，实行统一核算。2014年6月总机构开具增值税专用发票，移送一批货物给外省的甲分支机构用于对外销售，成本价100万元，销售价120万元，由甲分支机构对外开具所在地发票销售。由于甲分支机构销售货物时领用的是所在地发票，因此被所在地税务机关要求在当地缴纳增值税。另外，为开展业务方便，总机构还移送给甲分支机构办公用小汽车一辆，价值20万元。(增值税适用税率17，成本价、销售价均不含税)
1、6月份，总机构发出货物
(1)借：库存商品——甲分支机构——某某商品100
借：应交税费——应交增值税(进项税额)——甲分支机构17
贷：库存商品——某某商品100
贷：应交税费——应交增值税(销项税额)17
(2)移送的小汽车用于非销售的目的，不作增值税处理。在会计上也不作账务处理，只在固定资产卡片上登记，便于管理。
2、甲分支机构收到货物
由于甲分支机构采取报账制，不独立核算。因此，收到移送货物时只登记库存商品实物保管帐，库存商品增加100万元。
但由于甲分支机构向客户开具所在地的发票，并向客户收取货款，按照增值税的管理规定需向所在地税务机关申报缴纳增值税。因此，对于总机构开具给甲分支机构的增值税专用发票，总机构需要按照规定的期限到甲分支机构所在地主管税务机关认证并参与抵扣。
3、7月份，甲分支机构将移送来的货物全部销售完毕。8月份申报期内，需填报增值税申报表向所在地主管税务机关申报7月份增值税销项税20.4万元，进项税17万元，应缴税费——应缴增值税3.4万元。
4、总机构会计处理
(1)借：银行存款140.4
贷：主营业务入——甲分机构120
贷：应交税费-应交增值税(销项税额)——甲分支机构20.4
(2)借：主营业务成本——甲分机构100
贷：库存商品——甲分支机构100
5、甲分支机构会计处理
登记库存商品实物保管帐，库存商品减少100万元。
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